Nama Raja Ampat ini berasal dari legenda masyarakat setempat.
Dulu kala diceritakan ada sepasang suami istri menemukan telur naga. Lima dari enam telur naga itu menetaskan lima manusia. Empat laki-laki, satu perempuan, dan satu lainnya mahkluk gaib.
Anak perempuan dibunuh oleh keempat kakak laki-lakinya. Keempat laki-laki itu pun menjadi raja. Sehingga namanya jadi Raja Ampat yang berasal dari Empat Raja.
Keempat raja itu dipresentasikan nama-nama pulau besar yang ada di Raja Ampat yakni Pulau Waigeo, Batanta, Salawati dan Misool.***
