Langkah AH Nasution dalam menghadapi serangan PKI di bidang politik adalah mendirikan Sekretariat Bersama Golongan Karya (Sekber Golkar) yang terdiri atas Sentral Organisasi Karyawan Sosialis Indonesia (SOKSI), Koperasi Gotong Royong (Kosgoro), dan Musyawarah Kerukunan Gotong Royong (MKGR).
Sebagai Wakil Ketua Pengurus Besar Front Nasional (PBFN), AH Nasution juga menyetujui pengubahan ide pembentukan satu organisasi tunggal Musyawarah Kekaryaan Indonesia (MKI) menjadi satu forum koordinasi bernama Musyawarah Kerja Karyawan Indonesia (MKKI).
AH Nasution menolak gagasan yang disampaikan oleh PKI di berbagai bidang. Ia melakukan beberapa upaya dalam menolak gagasan yang disampaikan PKI.
1. Di bidang pers, membentuk Pemberitaan Angkatan Bersenjata (PAB) dan Harian Angkatan Bersenjata (HAB), Berita Yudha beserta edisi daerahnya.
2. Di lingkungan Staf Angkatan Bersenjata (SAB), membentuk Biro Sejarah yang kemudian berkembang menjadi Pusat Sejarah dan Tradisi ABRI atau kini bernama Pusat Sejarah TNI.
Baca Juga: Law Cafe Episode 2 Tayang Jam Berapa Malam Ini? Simak Jadwal Tayang, Sinopsis dan Link Nonton
3. Di bidang budaya, membentuk Konferensi Karyawan Pengarang Seluruh Indonesia (KKPI).
4. Di bidang pertahanan-keamanan, menolak Nasakomisasi ABRI yang hendak diterapkan PKI.
5. Di bidang teritorial, membentuk organisasi Pertahanan Sipil (Hansip), Pertahanan Rakyat (Hanra), dan Resimen Mahasiswa di setiap universitas.
6. Di bidang militer, menolak pembentukan Angkatan V dengan mempersenjatai buruh dan tani.
7. Pada 20 Mei 1965, Nasution meresmikan berdirinya pendidikan tertinggi di lingkungan Angkatan Bersenjata atau dikenal sebagai Lembaga Pertahanan Nasional (Lemhanas) di Jakarta. Siswanya terdiri atas para perwira menengah ABRI.
Pada 1966, Nasution dilantik menjadi Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat Sementara (MPRS). Pada saat menjabat, untuk pertama kalinya lembaga tertinggi negara itu menolak pidato pertanggungjawaban Presiden Soekarno yang dikenal dengan nama Nawaksara. Dalam sidang MPRS di bawah pimpinan Nasution, Jenderal Soeharto dilantik menjadi Pejabat Presiden, yang kemudian menjadi Presiden pada 1968.
Sejak 1968, Nasution tidak lagi bertugas dalam jabatan pemerintahan Republik Indonesia. Ia pensiun dari dinas aktif TNI AD pada 1972 saat berusia 53 tahun. Nasution kemudian aktif menulis buku. Buku-bukunya yang terkenal ialah Pokok-pokok Gerilya, Tentara Nasional Indonesia, Sekitar Perang Kemerdekaan, dan Memenuhi Panggilan Tugas.
Baca Juga: Harga BBM di Indonesia Naik, Ini Daftar 10 Negara dengan Harga BBM Termahal dan Termurah di Dunia
Karena kontribusinya yang luar biasa bagi bangsa Indonesia, AH Nasution mendapat penghargaan dari sejumlah sivitas akademika.