Keanggotaan PKI tidak disembunyikan dan mereka mudah ditemukan dalam masyarakat. Kedutaan Besar Amerika Serikat di Jakarta menyediakan daftar 5.000 orang yang diduga komunis kepada angkatan bersenjata Indonesia.
Beberapa cabang PKI melancarkan perlawanan dan pembunuhan balasan, tetapi sebagian besar sama sekali tidak mampu melawan.
Baca Juga: Search: Drama Korea, Jang Dong Yoon dan Krystal Jung Pencari Makhluk Asing
Tidak semua korban merupakan anggota PKI. Seringkali cap "PKI" diterapkan pada tokoh-tokoh Partai Nasional Indonesia (PNI) yang beraliran kiri.
Di Kalimantan Barat, sekitar delapan belas bulan setelah pembantaian di Jawa, warga pribumi mengusir 45.000 warga keturunan Tionghoa dari wilayah pedesaan. Ratusan hingga ribuan di antara mereka tewas dibantai.
Baca Juga: Mengerikan! Ini 5 Pemimpin Paling Kejam Sepanjang Sejarah Dunia, Melawan Langsung Eksekusi
Metode pembantaian meliputi penembakan atau pemenggalan dengan menggunakan pedang Jepang. Mayat-mayat dilempar ke sungai, hingga pejabat-pejabat mengeluh karena sungai yang mengalir ke Surabaya tersumbat oleh jenazah.
Pembantaian telah mereda pada Maret 1966, meskipun beberapa pembersihan kecil masih berlangsung hingga tahun 1969.
Penduduk Solo menyatakan bahwa meluapnya sungai Bengawan Solo yang tidak biasa pada Maret 1966 menandai berakhirnya pembantaian. ***