Pada tahun 2001, Tokyo Verdy memindahkan lapangan kandangnya ke Tokyo dan mengubah nama panggilan tim menjadi "Tokyo Verdy 1969." Pada tahun 2005, Verdy terdegradasi ke J2 untuk pertama kali dalam sejarah klub. Pada tahun 2008, Tokyo Verdy kembali ke Divisi 1. Namun tahun berikutnya Verdy kembali terdegradasi ke J2.
Setelah sempat terpuruk di papan bawah kelasemen J2, Tokyo Verdy perlahan bangkit dari tahun 2017 hingga sekarang.***
